Założeniem systemu podzielonej płatności jest regulowanie jednym przelewem należności wynikających tylko z jednej faktury. Płatność powinna być dokonana na dwa rachunki, tj. rachunek rozliczeniowy kontrahenta oraz jego rachunek VAT. Dzięki zastosowaniu takiej procedury kupujący zabezpiecza się w pewnym stopniu przed nieuczciwym kontrahentem oraz daje sobie możliwość szybszego zwrotu nadpłaconego VAT.

Mimo określenia przez ustawodawcę, że jeden przelew powinien regulować należności wynikające z jednej faktury, w praktyce okazuje się, że kupujący dokonują za pośrednictwem jednej transakcji w systemie split payment przelewu należności za więcej niż jedną fakturę.

Ministerstwo Finansów nie pozostawia wątpliwości oświadczając, że taka praktyka nie pozwala płacącemu korzystać z ochrony przewidzianej przez system podzielonej płatności, ani z korzyści podatkowych.

Wykonanie oddzielnych przelewów za każdą fakturę może być dla przedsiębiorcy uciążliwe, jednak jak wynika z powyższego jest to jedyny sposób by móc korzystać z rozwiązań wprowadzonych przez system podzielonej płatności.