W dniu 6 lipca 2017 r. przed Naczelnym Sądem Administracyjnym w sprawie o sygn. akt I FSK 2173/15 zapadł wyrok rozstrzygający kwestię możliwości odliczenia podatku VAT wynikającego z faktury wystawionej przez wykonawcę zastępczego na rzecz generalnego wykonawcy z tytułu usługi wykonanej za niesolidnego wykonawcę.

We wniosku o wydanie pisemnej interpretacji indywidualnej w przedmiocie podatku VAT Skarżąca wskazała, że w ramach prowadzonej działalności gospodarczej w zakresie wykonawstwa robót budowlanych udziela inwestorowi gwarancji, przy czym zleca poszczególne prace podwykonawcom, którzy zobowiązani są do naprawy ewentualnych usterek w okresie gwarancyjnym. W sytuacji braku usunięcia usterek przez podwykonawców, Skarżącą korzysta z wykonania zastępczego, a w związku z tym miała prawo potrącenia z kaucji gwarancyjnej kwoty powstałej z tytułu wykonania zastępczego. Skarżąca wystąpiła z pytaniami, czy w związku z otrzymaną od wykonawcy zastępczego fakturą VAT, przysługiwać jej będzie prawo odliczenia podatku naliczonego wykazanego w tej fakturze jak również czy ciąży na niej obowiązek wystawienia faktury podwykonawcy, którego obciąży kosztami wykonania zastępczego.

Organ podatkowy stwierdził, że Skarżąca nie powinna dokumentować powyższej czynności fakturą, a ponadto zwrot kosztów usunięcia wad i usterek, należy potraktować jako należność o charakterze odszkodowawczym, która nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT. Podatek naliczony wykazany na fakturze wystawionej przez wykonawcę zastępczego nie wiąże się z czynnościami opodatkowanymi, a więc Skarżącej nie przysługuje prawo do odliczenia podatku w okolicznościach przedstawionych w opisie zdarzenia przyszłego.

Sprawa znalazła swój finał przed Naczelnym Sądem Administracyjnym, który stwierdził, że nie sposób przyjąć, że Skarżąca wykonuje na rzecz podwykonawcy jakąkolwiek czynność podlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT, co skutkuje brakiem możliwości wystawienia faktury VAT. Równocześnie po rozpoznaniu okoliczności niniejszej sprawy Naczelny Sąd Administracyjny stanął na stanowisku, że podatek wynikający z faktury wystawionej przez wykonawcę zastępczego na rzecz generalnego wykonawcy z tytułu usługi wykonanej za niesolidnego podwykonawcę nie podlega odliczeniu na podstawie art. 86 ust. 1 u.p.t.u., skoro podatek ten powinien zostać objęty kwotą odszkodowania należnego generalnemu wykonawcy od niesolidnego podwykonawcy.