Podczas analizy rozliczeń podatku VAT organy podatkowe często zamiennie posługują się takimi pojęciami jak puste faktury oraz pozorne transakcje. Nie uwzględniają jednak tego, że nie są to pojęcia tożsame i nie powinny być ze sobą łączone. Niemałe wątpliwości budzi więc kwestionowanie na tej podstawie możliwości odliczenia podatku VAT.

Zakwestionowanie prawa do odliczenia podatku VAT możliwe jest w przypadku, kiedy podatnik wystawia puste faktury, bądź kiedy dokonuje pozornych transakcji. Takie działania wypełniają tym samym cechy karuzeli podatkowej. Niestety praktyka pokazuje, że organy podatkowe często wydają decyzje, w których traktują te pojęcia równoznacznie i stosują alternatywnie, bez szczegółowej weryfikacji, których z czynności dopuścił się podatnik.

 Takie postępowanie organów podatkowych podważają jednak sądy administracyjne. Podkreślają, że pojęć tych nie można stosować w decyzjach alternatywnie, a tym bardziej utożsamiać ze sobą.

Jako przykład można wskazać wyrok WSA w Gliwicach z dnia 9 stycznia 2020 r. (sygn. I SA/Gl 801/19). Sąd wskazał, że „organ podatkowy powinien jasno wskazać, na jakiej nieprawidłowości w zachowaniu podatnika opiera swoje rozstrzygnięcie. Kierując się szacunkiem do wspomnianych przepisów nie może on uzasadnienia swojego rozstrzygnięcia budować „alternatywnie”. Przejawem takiego zachowania jest z jednej strony eksponowanie kwestii pośrednictwa w wystawianiu faktur, a jednocześnie odwoływanie się do zaangażowania Spółki w obrót karuzelowy. Nie jest bowiem rolą ani strony postępowania podatkowego, ani sądu administracyjnego, kontrolującego legalność decyzji podatkowej dokonywanie wyboru jednej z dwóch wersji (opcji) zakwestionowania odliczenia naliczonego podatku od towarów i usług przez Organ odwoławczy (a wcześniej – przez Organ I instancji), wskazanych w uzasadnieniu aktu administracyjnego.”

Takie wyroki sądów administracyjnych mogą posłużyć jako konkretny argument, w walce podatników z błędnymi decyzjami organów podatkowych.