Zgodnie z wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 12 sierpnia 2015 r., sygn. akt I SA/Sz 781/15, generalny wykonawca nie ma prawa do odliczenia VAT z faktur dokumentujących wydatki poniesione na wykonanie zastępcze. I to zarówno wtedy, gdy wykonuje prace własnym sumptem, jak i w przypadku posłużenia się podwykonawcami zastępczymi.

Sąd stwierdził, że wykonanie zastępcze ma na celu naprawienie szkody wyrządzonej niewłaściwym zrealizowaniem zobowiązania przez podwykonawcę. Uznanie, że nie mamy w tym przypadku do czynienia z czynnością opodatkowaną, doprowadziło Sąd do wniosku, że generalnemu wykonawcy nie przysługuje prawo do odliczenia VAT naliczonego z faktury otrzymanej od wykonawcy zastępczego. Nabycie usługi od wykonawcy zastępczego nie ma bowiem w ocenie Sądu związku z czynnościami opodatkowanymi, lecz z uzyskaniem pozostającego poza VAT odszkodowania.

Powyższe stanowisko jest prezentowane obecnie również przez organy podatkowe (tak np. Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu w interpretacji indywidualnej z dnia 17.03.2016 r., nr ILPP1/4512-1-910/15-4/MK).

O ile nie budzi wątpliwości, że roszczenie generalnego wykonawcy do jego nierzetelnego podwykonawcy o zwrot kosztów wykonania zastępczego ma charakter odszkodowawczy i generalny wykonawca nie powinien wystawiać mu z tego tytułu faktury VAT, lecz jedynie notę obciążeniową, tak kwestionowanie prawa do odliczenia VAT z faktury otrzymanej przez generalnego wykonawcę od wykonawcy zastępczego jest kontrowersyjne. Zbyt daleko idące wydaje się być twierdzenie, że wydatki na wykonanie zastępcze nie są związane z działalnością opodatkowaną generalnego wykonawcy. Naprawienie szkody wyrządzonej przez nierzetelnego podwykonawcę nie jest bowiem dla niego celem samym w sobie, lecz następuje po to, aby mógł należycie i bez przeszkód wykonywać czynności opodatkowane. Za bardziej uzasadnione, również z punktu widzenia zasady neutralności VAT, należałoby w ocenie Kancelarii uznać raczej pomniejszenie odszkodowania należnego generalnemu wykonawcy o kwotę VAT, który został odliczony od wydatków poniesionych na wykonanie zastępcze.

Wyrok nie jest prawomocny, należy więc oczekiwać zajęcia stanowiska w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny.