Z dniem 1 stycznia 2010 r. wchodzą w życie liczne zmiany w ustawie o VAT. Nabywca towarów lub usług jest zobowiązany do rozliczenia podatku także wtedy, jeżeli usługodawca lub dokonujący dostawy towarów nie posiada siedziby na terytorium kraju lecz posiada na jego terytorium stałe miejsce prowadzenia działalności (np. oddział), które jednak nie uczestniczy w dokonywanych transakcjach.

Usługobiorca będący podatnikiem jest ponadto zobowiązany do samodzielnego naliczenia VAT z tytułu nabytych usług, dla których miejsce świadczenia znajduje się w miejscu, w którym posiada on siedzibę lub stałe miejsce zamieszkania, i nie zwalnia go z tego obowiązku fakt rozliczenia podatku przez usługodawcę. Dla powstania u nabywcy obowiązku rozliczenia VAT wystarczające będzie, że będzie on podatnikiem w rozumieniu przepisów ustawy o VAT, nawet jeśli nie posiada na terytorium kraju stałego miejsca prowadzenia działalności ani stałego miejsca zamieszkania. Obowiązek ten będzie również ciążył na podatniku VAT UE, który nie jest jednocześnie podatnikiem w rozumieniu ustawy o VAT, jeżeli będą świadczone na jego rzecz usługi, dla których miejsce świadczenia znajduje się w miejscu, w którym nabywca posiada siedzibę lub stałe miejsce zamieszkania.

Usługi świadczone poza terytorium kraju, będące dla nabywcy importem usług, należy wykazać w deklaracji w miesiącu lub kwartale wykonania usługi.

Od 1 stycznia 2010 r. usługi świadczone na rzecz podatników będą opodatkowane w miejscu, w którym usługobiorca posiada siedzibę lub stałe miejsce zamieszkania. W przypadku świadczenia usług na rzecz podmiotów niebędących podatnikami miejscem świadczenia usług będzie natomiast miejsce, w którym posiada siedzibę usługodawca. Zasada ta doznaje jednak licznych wyjątków.

Od 1 stycznia 2010 r. o sposobie rozliczania wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów nie decyduje już to, w którym miesiącu danego kwartału miała miejsce ta dostawa. W myśl nowych przepisów, jeżeli przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany miesiąc podatnik nie posiada dowodów uprawniających do zastosowania stawki 0%, powinien wykazać tę dostawę  ze stawką krajową dopiero w miesiącu następującym po następnym okresie rozliczeniowym. Po otrzymaniu w/w dokumentów podatnik będzie uprawniony do wykazania wewnątrzwspólnotowej dostawy ze stawką 0% za okres rozliczeniowy, w którym miała miejsce dostawa towaru. Powinien wówczas dokonać korekty deklaracji podatkowej oraz informacji podsumowującej. Zmiany te dotyczą wyłącznie podatników rozliczających VAT miesięcznie. Podatnicy rozliczający się kwartalnie rozliczają się na obowiązujących dotychczas zasadach.

O zwrot VAT będą mogły się ubiegać podmioty nieposiadające zwykłego miejsca prowadzenia działalności lub miejsca zwykłego pobytu na terytorium kraju, niedokonujące sprzedaży oraz niezarejestrowane na potrzeby podatku na terytorium kraju. Będą się one mogły o niego ubiegać w odniesieniu do nabytych przez nie na terytorium kraju towarów i usług lub w odniesieniu do towarów, które zostały zaimportowane na terytorium kraju, jeżeli te towary i usługi były przez te podmioty wykorzystywane do wykonywania czynności dających prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego na terytorium państwa, w którym rozliczają one podatek od wartości dodanej lub podatek o podobnym charakterze, innym niż terytorium kraju. Częściowe wykorzystywanie tych towarów lub usług do czynności opodatkowanych będzie powodowało możliwość otrzymania zwrotu VAT w obliczonej proporcjonalnie części.
Zwrot VAT nie przysługuje w odniesieniu do kwot podatku:
1)  zafakturowanych niezgodnie z przepisami ustawy oraz przepisami wykonawczymi wydanymi na jej podstawie,
2)  dotyczących eksportu dokonywanego przez nabywcę mającego siedzibę poza terytorium kraju lub na jego rzecz i wewnątrzwspólnotowej dostawy towaru,
3)  w odniesieniu do których, zgodnie z przepisami ustawy oraz przepisami wykonawczymi wydanymi na jej podstawie, nie przysługuje podatnikom, o których mowa w art. 15, prawo do obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego.

Podmioty posiadające siedzibę  lub stałe miejsce zamieszkania na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju składają wnioski o dokonanie zwrotu podatku za pomocą środków komunikacji elektronicznej, natomiast podmioty nieposiadające siedziby lub stałego miejsca zamieszkania na terytorium państwa członkowskiego innego niż terytorium kraju składają w/w wnioski na piśmie, zgodnie z wzorem określonym w rozporządzeniu.
Od kwot podatku niezwróconych przez urząd skarbowy w terminie podatnikowi przysługują odsetki.
Od 1 stycznia 2010 r. podatnicy ubiegający się o zwrot podatku zapłaconego w innym kraju UE składają wnioski za pomocą środków komunikacji elektronicznej do właściwego państwa członkowskiego za pośrednictwem właściwego dla podatnika naczelnika urzędu skarbowego.
Wniosek, o którym mowa wyżej, nie zostanie przekazany do właściwego państwa członkowskiego w przypadku, gdy w okresie, którego dotyczy wniosek, podatnik:
1)  nie był podatnikiem VAT,
2)  dokonywał wyłącznie dostawy towarów lub świadczenia usług zwolnionych od podatku innych niż transakcje, do których stosuje się art. 86 ust. 9 ustawy o VAT,
3)  był zwolniony od podatku na podstawie art. 113 ustawy.
W przypadku jedynie częściowego wykorzystania nabytych towarów lub usług zwrot przysługuje podatnikowi jedynie w obliczonej proporcjonalnie części.
Rozszerzeniu ulega katalog podmiotów, które mają obowiązek rejestracji na potrzeby rozliczania transakcji unijnych.
Dotyczy on teraz również podatników, którzy:
1)  nabywają usługi, które ze względu na miejsce świadczenia będą rozliczane przez usługobiorcę, jeżeli usługi te stanowiłyby u nich import usług,
2)  świadczą usługi dla podatników podatku od wartości dodanej lub osób prawnych niebędących podatnikami, zidentyfikowanych na potrzeby podatku od wartości dodanej, dla których zobowiązanymi do zapłaty podatku są usługobiorcy.

Według nowych zasad w informacjach podsumowujących należy wykazywać również usługi, do których stosuje się art. 28b ustawy o VAT, świadczone na rzecz podatników podatku od wartości dodanej lub osób prawnych niebędących takimi podatnikami, zidentyfikowanych na potrzeby podatku od wartości dodanej, których miejsce świadczenia znajduje się na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju, dla których zobowiązanym do zapłaty podatku od wartości dodanej jest usługobiorca. Dotyczy to jednak wyłącznie usług, które nie są zwolnione od podatku od wartości dodanej ani opodatkowane stawką 0%.

Informacje podsumowujące należy składać za okresy miesięczne do 15. dnia miesiąca a w przypadku podatników składających informacje podsumowujące za pośrednictwem środków komunikacji elektronicznej – do 25. dnia miesiąca) następującego po miesiącu, w którym powstał obowiązek podatkowy od danej czynności. Możliwość składania informacji podsumowujących za okresy kwartalne zachowano w charakterze wyjątku.
Podatnicy będący odbiorcami usług lub nabywający towary na terytorium kraju od podatników nieposiadających siedziby, stałego miejsca zamieszkania lub stałego miejsca prowadzenia działalności na terytorium kraju, którzy do tej pory nie mieli obowiązku składania deklaracji podatkowej, muszą składać deklaracje podatkowe w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym powstał obowiązek podatkowy.

Zmieniły się ponadto wzory zgłoszenia rejestracyjnego (VAT-R) oraz potwierdzenia zarejestrowania jako podatnika VAT UE (VAT-5UE) – należy więc zwracać uwagę na to, aby ewentualnych zgłoszeń dokonywać na nowych formularzach.