Naczelny Sąd Administracyjny w wyrokach z dnia 29 sierpnia 2018 r. (sprawy o sygn. akt: II FSK 2492/16, II FSK 2493/16 oraz II FSK 2955/16) wskazał, że nawet po korzystnej zmianie interpretacji indywidualnej nie ma możliwości zwrotu nadpłaty po upływie terminu przedawnienia. Podkreślił, że zasada nie szkodzenia nie ma prymatu nad przepisem o terminie przedawnienia na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Sąd stwierdził również, że indywidualne interpretacje podatkowe nie wywołują skutków materialnoprawnych, a podatnik nie miał obowiązku jej stosowania.

Podstawą wydania ww. wyroków był stan faktyczny, w którym podatnik zastosował się do otrzymanej interpretacji indywidualnej uiszczając należny podatek, zgodnie z treścią interpretacji. Po upływie pięcioletniego terminu przedawnienia na złożenie wniosku o zwrot nadpłaty podatku organ podatkowy zmienił interpretację w taki sposób, że uiszczony podatek okazał się nienależny. W związku z powyższym podatnik wniósł o zwrot nadpłaconego podatku, czego organ odmówił.

W przedmiotową sprawę zaangażował się także Rzecznik Praw Obywatelskich (RPO), który podnosił że podatnik nie może zostać pozbawiony ochrony prawnej w związku z zastosowaniem się przez niego do interpretacji, która została zmieniona po upływie terminu przedawnienia. Zaznaczał również, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku został wniesiony po upływie terminu przedawnienia bez winy podatnika. Ponadto zaznaczał, że podatnik doznał negatywnych skutków w swoim majątku pomimo działania w zaufaniu do organów podatkowych wbrew treści art. 14k ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. ordynacja podatkowa.

NSA jednak powyższej argumentacji nie podzielił i w konsekwencji oddalił w dniu 29 sierpnia 2018 r. skargi kasacyjne, zajmując niekorzystne dla podatników stanowisko.