Z dniem 1 stycznia 2010 r. wchodzą w życie zmiany w ustawach o podatkach dochodowych, jednak nie wpłyną one w sposób istotny na dotychczasowe zasady rozliczeń przedsiębiorców.

W związku z likwidacją zakładów budżetowych i przejęciem ich funkcji przez nowoutworzone agencje wykonawcze, zwolnione od podatku dochodowego zostały środki pieniężne oraz niektóre świadczenia otrzymywane za pośrednictwem lub ze środków agencji wykonawczych. Zwolniono od podatku również – z pewnymi wyjątkami – płatności na realizację projektów w ramach programów finansowanych z udziałem środków europejskich otrzymane z Banku Gospodarstwa Krajowego oraz środki finansowe otrzymane przez uczestnika projektu jako pomoc udzielona w ramach programu finansowanego z udziałem środków europejskich, o których mowa w ustawie z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych. Wydatki i koszty bezpośrednio sfinansowane z wyżej wymienionych dochodów zostały przy tym wyłączone z kategorii kosztów uzyskania przychodów. Zwolnienia te, z wyjątkiem tych dotyczących działalności rolniczej, przysługują również podatnikom opłacającym ryczałt od przychodów ewidencjonowanych.

Do kosztów uzyskania przychodów nie podlega zaliczeniu dodatkowa opłata produktowa, którą wymierza marszałek województwa w przypadku, gdy przedsiębiorca, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie dokonał wpłaty opłaty produktowej lub dokonał wpłaty w kwocie niższej od należnej.
Przedsiębiorcy wprowadzający baterie lub akumulatory mogą natomiast zaliczać do kosztów uzyskania przychodów wydatki ponoszone na obowiązkowe finansowanie publicznych kampanii edukacyjnych. Przedsiębiorcy mogą także zaliczać do kosztów wydatki z tytułu opłaty produktowej, którą są zobowiązani ponieść w razie niewywiązania się z obowiązku zbierania baterii przenośnych lub akumulatorów przenośnych na poziomie określonym w przepisach.

Od 1 stycznia 2010 r. do przychodów z działalności gospodarczej (a więc mogących być opodatkowanych wg stawki liniowej) zalicza się przychody z odpłatnego zbycia świadectw otrzymanych przez przedsiębiorstwa energetyczne zajmujące się wytwarzaniem energii elektrycznej w odnawialnych źródłach energii. Podatnicy, którzy wybrali ryczałt od przychodów ewidencjonowanych, będą opłacali od tego przychodu podatek obliczony wg stawki 5,5%.

Na marginesie warto dodać, że nowe zasady płacenia zaliczek na podatek dochodowy, które miały zacząć obowiązywać od 1 stycznia 2010 r., będą obowiązywały dopiero od dnia 1 stycznia 2012 r., a w przypadku podatników, których rok podatkowy jest inny niż rok kalendarzowy – począwszy od roku podatkowego rozpoczynającego się po dniu 31 grudnia 2011 r.