Zgodnie z wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z 18 grudnia 2017 r., w sprawie o sygnaturze akt I FSK 352/16, samo podejrzenie, że podatnik brał udział w abstrakcyjnym nadużyciu podatkowym nie jest wystarczającą przesłanką do odmowy prawa do odliczenia VAT naliczonego.

Wyrok NSA odpowiada fundamentalnej zasadzie neutralności VAT. Prawo do odliczenia podatku naliczonego ma zapewniać, że podatek zapłacony przez podatnika VAT przy nabyciu towarów i usług, które są wykorzystywane do działalności opodatkowanej nie będzie dla niego faktycznym kosztem czy obciążeniem finansowym. Zauważyć należy także, że istnienie możliwości odliczenia podatku naliczonego nie może być uznawane za jakikolwiek przywilej czy ulgę podatnika, lecz stanowi jego podstawowe uprawnienie, wynikające z samej konstrukcji podatku od towarów i usług. Z uwagi na jego znaczenie,  pozbawienie podatnika tego prawa powinno następować wyłącznie w uzasadnionych prawem okolicznościach, na przykład gdy skorzystanie z tego prawa wiązałoby się z przestępstwem lub nadużyciem VAT.  

W stanie faktycznym, na gruncie którego NSA wydał wyrok o sygn. akt I FSK 352/16 organ podatkowy twierdził, że udokumentowany przez spółkę fakturami VAT zakup i sprzedaż licencji na programy do nauki języków obcych nigdy nie miał miejsca. Dlatego też, odmówiono jej prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktury zakupowej, natomiast w odniesieniu do faktur sprzedażowych określono Spółce zobowiązanie podatkowe na podstawie art. 108 ustawy o VAT. Prawidłowość powyższego potwierdził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, od którego wyroku spółka wniosła skargę kasacyjną. NSA uchylił zaskarżony wyrok, nie podzielając ustaleń WSA w Warszawie i stwierdzając, że organy podatkowe nie zbadały, czy wskazane transakcje były uzasadnione ekonomicznie. Zdaniem NSA, zawarcie kolejnych umów licencyjnych było rozsądne pod kątem biznesowym, dlatego też uznano, że faktury dokumentowały rzeczywiste transakcje.

W odniesieniu do odmowy prawa do odliczenia VAT z uwagi na nadużycie prawa Sąd podkreślił, że to na fiskusie ciąży obowiązek udowodnienia istnienia samego nadużycia, ustalenia jego charakteru i wskazania, w jaki sposób doszło do uszczuplenia budżetu państwa. W związku z powyższym organy podatkowe powinny ustalić, jaki charakter miało to nadużycie i w jaki sposób doszło do uszczuplenia budżetu państwa, gdyż wskazanie, że podatnik brał udział w abstrakcyjnym nadużyciu podatkowym nie jest wystarczającym uzasadnieniem dla odmowy prawa do odliczenia VAT.